故事围绕马家堡小少爷马顺天的查案办案引出扑朔迷离的身世而展开。明朝末，朝政黑暗，皇帝昏庸，阉党乱权。原本由皇帝直接控制的锦衣卫掌控大权逐渐旁落到当朝司礼太监朱瑞手中，朱瑞密谋造反，私通藩王，欲与其平分天下。锦衣头领岳超遭陷害，逃到贵阳附近的一个叫青岩的小镇上。在那里遇到了天才小神探马顺天，他原是皇子，亲母因奸人追杀被迫在宫外产下他，机缘巧合，他成为马家堡堡主马老爷的唯一儿子，取名马顺天。他在马家为自保装傻充愣，在外出于好奇和好心帮衙门破案无数。在查案办案过程中，马顺天遂卷入朝廷的阴谋斗争之中，最终为母报仇，也消灭了乱党。