位于繁华都市的海征医院轻军医方子心、李亦涛等磨炼多已是医学骨干，和平方舟军医董剑如接到上级命令负责选拔军医人才，方子心等面对突如其来的人生抉择，内心和现实产生剧烈冲突，在方宇帆等老中青三代人为中国医疗救护事业自我牺牲的精神感召下，毅然投入苛刻的层层选拔并脱颖而出。他们出远海实习突遇海上紧急病情求援，意外陷入病毒威胁，面临生死考验，他们坚守医者仁心，以精湛医术征服海盗并成功捣毁某海岛国际恐怖基地。在和平方舟上，他们利用医学知识培养的病毒抗体拯救了岛上所有感染者。他们救死扶伤，大医至善，维护世界和平，最终成为光荣的和平方舟军医。