神盾局特工第六季剧情讲述复仇者联盟以及随后影响深远的纽约之战，让外星人和超能力者不再是坊间传说的秘密。纽约之战过后，世界格局即将重新洗牌，野心家们则蠢蠢欲动，神盾局面临前所未有的挑战。在此危急关头，一度传闻死于纽约的特工菲尔·科尔森探员“复活”，吸纳了身怀绝技的格兰特•沃德、梅琳达·梅、莱奥·菲兹、盖玛·西蒙斯以及来自黑客构成的民间团体涨潮组织的斯凯加入进来。