我的英雄学院：两位英雄剧情讲述了一座移动科研都市“我之岛”突然遇袭，卷入其中的职业英雄们，与滥用异能作恶的反派随即展开终极对决，然而随着战斗升级，隐秘真相接连被揭开……

　　紧张的期末考结束了之后，雄英高中的同学们等待着暑假的林间集训。绿和All Might获得某个大人物的邀请，造访位于海外的巨大移动都市“ I·ISLAND”。

　　如同科学好莱坞一样的“ I·ISLAND”岛上正举行集合世界各地精英科学家智慧的关于英雄个性研究成果的展览，绿谷在岛上与同样“无个性”的少女·梅丽莎相遇了。

　　同时，一直以有如铁墙般坚实的安全系统为荣的I岛的防卫系统被敌人黑客入侵。岛上的所有人都被捉了做人质!现在，动摇了英雄社会的结构的“那个计划”要启动了!