为了救神谷薰（武井咲饰），绯村剑心（佐藤健饰）纵身跃入大海，昏迷中他飘到某座小岛，最终为传授了他飞天御剑流的师父比古清十郎（福山雅治饰）所救。深感到自身与志志雄真实（藤原龙也饰）的巨大差距，为了拯救全日本，剑心恳请师傅传授他飞天御剑流的最高奥义。与此同时，志志雄剑指东京，迈出武力夺国的下一步。他强迫伊藤博文（小泽征悦饰）对刽子手拔刀斋发布全国通缉令，得知消息的薰、左之助（青木崇高饰）则匆匆向东京赶去。再度上路的剑心率先遭到御庭番众的首领四乃森苍紫（伊势谷友介饰）的阻击，他一路披荆斩棘，将迎来与宿命的对手志志雄最终的对决……