某日，一群使用风遁之术的空忍空袭火之国，无数民众和忍者遇害，形势危急。据纲手大人所言，这群不速之客正是在第二次忍者大战中落败的空之团，如今他们怀着复仇之心再次出现。卡卡西（井上和彦配音）等人则负责侦查空之团的老巢，鸣人（竹内顺子配音）、小樱（中村千绘配音）、雏田（水樹奈々配音）受命组成三人医疗小队，协助名医神农（石塚運昇配音）前往其徒弟雨琉的家乡医治伤者。另一方面，病入膏肓的大蛇丸得知神农的再生之术业已完成，他命佐助（杉山纪彰配音）前去寻找神农。这也促成佐助和昔日伙伴宿命的重逢……