进入21世纪，地球的生态环境越来越恶劣，原始丛林不断消失，众多物种濒临灭绝。在这生死存亡的时刻，“永恒地球”的总裁大山贤造开始实施他的“新森林”计划，他在海洋中央建造一个相当于北海道大小的人工小岛，随后强制性地将无家可归的动物移到这片新森林。动物们起初欣喜过望，但不久便发现自己的行动全部受到人类的监视，甚至生命安全也受到威胁。为了生存，狮子王潘加担负起管理新森林的重任，却被其他同伴认为是讨好人类；而黑豹托托则走向极端，将人类视为袭击和杀害的目标。大山的儿子贤一偶然走进森林，并和潘加的儿子雷欧成为好朋友。贤一从朋友的口中听到朋友的怨愤，才明白人类正为自己的一厢情愿犯下错误。与此同时，传染病四处蔓延，大山似乎正在酝酿一个恐怖的计划……