一群盗贼为了寻找传说中的宝藏而去到远海的孤岛监狱，但他们却发现了被囚禁在那里的Hakaider，最后全被Hakaider杀死。失去记忆的Hakaider为了追寻身世而来到了“基督城”，基督城虽然表面上是一个和平的都市，但其实内里统治者古谢夫将有反抗意识的人改造为不反抗者，营造出一片虚假的和平。其后Hakaider在与基督城的重武装兵交战时，当地的反抗组织出手相助，战斗后Hakaider与组织成员一同返回地下基地。在基地内，Hakaider与一名叫薰的少女产生了微妙的关系……