近来发生了数起离奇的失踪事件——在雨夜听到笼目歌谣的女孩相继行踪不明。鬼太郎发现失踪者是中了蛇女的诅咒。女高中生比良本枫也中了此咒，生命濒危，鬼太郎以及同伴们和她一起踏上了解咒之旅。在妖怪图书馆的掌管者文车妖妃的帮助下，众人查知只有集齐三件上古乐器，举行护人囃子之仪才能封印蛇女。于是，一行人分头前往古地图上记载的“天”、“地”、“海”三处，寻找乐器。鬼太郎和枫去“天”——箱根的神山；猫女和鼠男去“地”——高尾山；撒沙婆婆和子泣爷爷去“海”——三浦半岛的海面。