1967年、三津木五郎は瀬戸内海の刑部島で、人捜しをしている探偵?金田一耕助と出会った。その頃、島とフェリーで繋がる港で、仮死状態の男が発見されるが『島には悪霊がいる。鵺(ぬえ)の鳴く夜は気をつけろ』という言葉を残して絶命する。知り合った警部の話で、その死体こそ金田一が探していた男であったことを知る…。